La REAFES se organiza a través de su Asamblea General, la cual está compuesta por cada uno de los representantes designados por sus universidades asociadas.
De esta Asamblea General emana la siguiente estructura organizativa y funcional:
Universidad Coordinadora, representante de todas las otras universidades, elegida en Asamblea General por mayoría simple. Actualmente ostenta la coordinación la Universidade de A Coruña (A Coruña, España).
Coordinador General, que es el representante de la Universidad Coordinadora.
Dr. Xurxo Dopico Calvo (Coordinador General de la REAFES)
Secretaría Científica, a propuesta de la Universidad Coordinadora y ratificada por la Asambea General. Actualmente ostenta la coordinación la Universidad Lusófona de Humanidades e Tecnologias (Lisboa, Portugal).
Dr. Francisco Carreiro da Costa (Coordinador de la Secretaría Científica de la REAFES)
Secretaría Académica, a propuesta de la Universidad Coordinadora y ratificada por la Asambea General. Actualmente ostenta la coordinación la Universidad Autónoma de Chihuahua (Chihuahua, México).
Dra. Lidia Guillermina de León Fierro (Coordinadora de la Secretaría Académica).
Secretaría de Gestión de Recursos, a propuesta de la Universidad Coordinadora y ratificada por la Asambea General. Actualmente ostenta la coordinación la Universidad Pablo de Olavide (Sevilla, España).
Dr. José Antonio González Jurado (Coordinador de la Secretaría de Gestión de Recursos).
Secretaría General REAFES
Dr. Miguel González Valeiro
Comisión Ejecutiva, formada por los representantes de las universidades responsables de la Coordinación General, Secretaría Científica, Secretaría Académica, y Secretaría de Gestión de Recursos.