A REAFES organiza-se através da sua Assembleia Geral, a qual é composta por um representante designado pelas suas universidades parceiras.
Desta Assembleia Geral emana a seguinte estrutura organizacional e funcional:
Universidade Coordenadora, representante de todas as outras universidades, eleita na Assembleia Geral por maioria simples. Atualmente a coordenação é assumida pela Universidade de A Coruña (A Coruña, Espanha).
Coordenador Geral, que é o representante da Universidade Coordenadora.
Dr. Xurxo Dopico Calvo (Coordenador Geral da REAFES)
Secretaria Científica, proposta pela Universidade Coordenadora e ratificada pela Assembleia Geral. Atualmente ocupa a coordenação a Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias (Lisboa, Portugal).
Dr. Francisco Carreiro da Costa (Coordinador de la Secretaría Científica de la REAFES)
Secretaria Académica, sob proposta da Universidade Coordenadora e ratificada pela Assembleia Geral. No momento ocupa a coordenação a Universidade Autónoma de Chihuahua (Chihuahua, México).
Dra. Lidia Guillermina de León Fierro (Coordinadora de la Secretaría Académica).
Secretaria de Gestão de Recursos proposta pela Universidade Coordenadora e ratificada pela Assembleia Geral. Presentemente ocupa a coordenação a Universidade Pablo de Olavide (Sevilha, Espanha).
Dr. José Antonio González Jurado (Coordinador de la Secretaría de Gestión de Recursos).
Secretaria Geral da REAFES
Dr. Miguel González Valeiro
Comisión Ejecutiva, formada por los representantes de las universidades responsables de la Coordinación General, Secretaría Científica, Secretaría Académica, y Secretaría de Gestión de Recursos.